عقد مركز الجزيرة للدراسات حلقة نقاشية بعنوان "النظام الفيدرالي في السودان: الواقع والتحديات"، يوم الثلاثاء 17 مايو/أيار 2016، قدَّم خلالها الدكتور سامي مصطفى محمد علي، مدير المركز الدولي لاستشراف المستقبل بالسودان، تقييمًا للتجربة الفيدرالية السودانية وعمليات البناء الـمُؤَسَّسي التي قام عليها النظام السوداني بعد أن جرَّب أنماطًا مختلفة من أنظمة الحكم. كان أبرزها الحُكم الإقليمي الذي أعقب اتفاقية أديس أبابا، عام 1972، التي أنهت الحرب في الجنوب، ثم نظام الحكم الاتحادي عام 1991، والحكم الإقليمي للمديريات الشمالية في العام 1980، ثم الحكم الفيدرالي عام 1991، والفيدرالية السودانية الجديدة بعد اتفاق نيفاشا عام 2005؛ حيث نصَّ الدستور القومي الانتقالي على أن السودان دولة لا مركزية يكون الحكم فيها على المستوى القومي لحماية سيادة السودان الوطنية وسلامة أراضيه، ومستوى الحكم الولائي الذي يمارس السلطة على مستوى الولايات في كل أنحاء السودان ويُقدِّم الخدمات العامة، ومستوى الحكم المحلي ويكون في أنحاء السودان كافة.
بعد أن فصَّل الدكتور سامي مستويات الحكم الفيدرالي ومضامينه وخصائصه وآليات إدارته وأهدافه الاستراتيجية، بيَّن التحديات التي تواجه هذه التجربة في ظل التنوُّع الاجتماعي والسياسي والاقتصادي؛ إذ لا يزال المعيار القَبَلي مُهَيْمِنًا على تشكيل الحكومات والمحاصصة القبلية في المحليات؛ ما يؤدِّي إلى تدافع القبائل نحو مغانم السُّلطة وربما الصراع، ويُؤثِّر ذلك في تماسك الحكم، ثم هناك التضارب في القوانين بين الولايات والمؤسسات الاتحادية، بالإضافة إلى عدد الولايات الكبير الذي يصل 18 ولاية. وفي معرض تقييمه لتجربة الحكم الفيدرالي في السودان، وقف المتحدث على عدد من سلبيات التجربة، وأبرزُها: ترهُّل أجهزة الحكم في الوزارات والمحليات، وضعف العلاقة الـمُؤَسَّسِيَّة بين الرئيس والولاة، واستئثار المركز بالموارد البشرية المدرَّبة في الحكومة الاتحادية، وتدني فعالية الحكم المحلي على مستوى الولاية. كما أشار إلى الجدل الذي رافق التجربة وإلى عوامل التوتُّر التي ميَّزت بعض محطاتها سواء داخل أركان النظام الفيدرالي أو بين المركز والولايات مثل قضية انتخاب الولاة أو تعيينهم من قبل القيادة الفيدرالية.